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如何在Linux系統(tǒng)中安裝FFTW3
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FFTW3是一款高速傅里葉變換庫，廣泛應(yīng)用于科學(xué)計算和信號處理領(lǐng)域。在Linux系統(tǒng)中安裝FFTW3比較簡單，只需按照以下步驟操作即可。
1.下載FFTW3
您需要從FFTW3官方網(wǎng)站（http://www.fftw.org/download.html）下載最新版本的FFTW3源代碼。請選擇適合您系統(tǒng)的版本，例如FFTW-3.3.9.tar.gz。
在終端中輸入以下命令：
wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.9.tar.gz
2.解壓源代碼
下載完成后，您需要將FFTW3源代碼解壓。在終端中輸入以下命令：
tar -xzvf fftw-3.3.9.tar.gz
此時，您的工作目錄下會出現(xiàn)一個名為fftw-3.3.9的文件夾，里面存放著FFTW3的源代碼。
3.編譯FFTW3
接下來，您需要編譯FFTW3。通過以下命令進(jìn)入FFTW3源代碼目錄：
cd fftw-3.3.9
然后在終端中輸入以下命令：
./configure && make
這將對FFTW3源代碼進(jìn)行編譯。具體地，configure命令將自動檢測您的系統(tǒng)配置，并生成Makefile文件，Makefile文件包含了編譯FFTW3所需的指令，make命令則將根據(jù)Makefile文件開始編譯。
您可以加入一些選項來定制FFTW3的編譯配置，例如：
./configure –enable-threads –enable-float
以上命令將啟用FFTW3的多線程功能，并編譯出單精度的庫（float）。
4.安裝FFTW3
編譯完FFTW3后，您需要將其安裝到系統(tǒng)中。在終端中輸入以下命令：
sudo make install
這將以管理員權(quán)限安裝FFTW3。您需要輸入管理員密碼才能繼續(xù)安裝。
安裝完成后，F(xiàn)FTW3將被存放在/usr/local/lib和/usr/local/include目錄下。
5.測試FFTW3
您可以通過編寫一個簡單的程序來測試FFTW3。例如，下面是一個計算一維離散傅里葉變換（DFT）的程序：
#include
#include
#define N 16
int mn() {
fftw_complex in[N], out[N];
fftw_plan p;
int i;
for (i = 0; i
in[i][0] = sin(2 * M_PI * i / N);
in[i][1] = 0;
}
p = fftw_plan_dft_1d(N, in, out, FFTW_FORWARD, FFTW_ESTIMATE);
fftw_execute(p);
for (i = 0; i
printf(“%2d %12g %12g\n”, i, out[i][0], out[i][1]);
}
fftw_destroy_plan(p);
return 0;
}
這個程序生成了一個長度為N=16的正弦波信號，并對其進(jìn)行DFT。最后輸出DFT結(jié)果。
您可以使用gcc編譯該程序：
gcc -o test test.c -lfftw3
其中，-lfftw3選項表示鏈接FFTW3庫。編譯完成后，您可以運行該程序來測試FFTW3的安裝情況。
本文介紹了如何在Linux系統(tǒng)中安裝FFTW3，并給出了一個簡單的測試程序。如果您需要使用FFTW3進(jìn)行科學(xué)計算或信號處理任務(wù)，安裝FFTW3將是必要的。請注意，如果您使用的是Windows系統(tǒng)，安裝FFTW3的過程將有所不同。
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首先，你要確認(rèn)你安裝fftw和mpich的路徑，然后找到lammps/src/MAKE/Makefile.g++,對它進(jìn)行編輯修改我的mpi路徑是/opt/mpich2，MPI_INC=-DMPICH_SKIP_MPICXX-I/opt/mpich2/includeMPI_PATH=-L/opt/mpich2/libfftw路徑是/opt/fftw215,FFT_INC=-DFFT_FFTW-I/opt/fftw215/includeFFT_PATH=-L/opt/fftw215/lib其它的不用改然后打開終春笑行端，在src目錄下輸入命令：makeg++等待十幾分鐘最后生成了可執(zhí)行文件lmp_g++說明安裝成功。然后在你的主文件夾下找到.bashrc文件，在最后加入下面的內(nèi)容LD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich2/lib:/opt/fftw215/lib:/home/sky/tools/lammps/src/lib:$LD_LIBRARY_PATH注意按照你自己的安裝路徑進(jìn)行扒嘩改動。然后用命令source~/.bashrc進(jìn)行更新。然后lmp_g++就可以用了升則然后。。。然后你該給我分了。
為什么編譯出的 gromacs 多 GPU 加速效果不好
一個可能的原因是 boost 的版本較低。
改進(jìn)辦法是執(zhí)行如下命令：
# sudo apt-get install libboost-all-dev
然后按照文章步驟安裝就可以了，為了便于閱覽，我們把步驟也貼在這里：
機(jī)器操作系統(tǒng)為 Ubuntu14.04，安裝了 CUDA7.5。
在家目錄下建立 gromacs 目錄做為工作目錄下，搭困拷貝了 4 個
安裝包
：
openmpi-1.6.5.
tar.gz
fftw-3.3.3.tar.gz
cmake-2.8.9.tar
gromacs-5.0.4.tar.gz
1.安裝 openmpi
$ cd ~/gromacs
$ tar –xvf openmpi-1.6.5.tar.gz
$ cd openmpi-1.6.5
$ ./configure –prefix=/opt/openmpi
$ sudo make
$ sudo make install
2.安裝 fftw
$ 察枝嘩cd ~/gromacs
$ tar –xvf fftw-3.3.3.tar.gz
$ cd fftw-3.3.3
$ ./configure –prefix=/opt/fftw –enable-float –enable-shared
$ sudo make
$ sudo make install
3.安裝 cmake
$ cd ~/gromacs
$ tar xvf cmake-2.8.9.tar
$ cd cmake-2.8.9
$ ./bootstrap
$ sudo make
$ sudo make install
4.編譯 gromacs GPU 版本
$ cd ~/gromacs
$ mkdir build-gpu
$ cd build-gpu
$ sudo cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include -DGMX_MPI=ON –DGMX_GPU=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-5.0.4-gpu
$ sudo make
$ sudo make install
步驟 4 編譯 gromacs 時，cmake 步驟如果有如下提示信息的話，敗行說明 boost 版本低：
配置環(huán)境變量：
$ vi ~/.bashrc
增加如下內(nèi)容：
export PATH=$PATH:/usr/local/cuda/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda/lib64
export PATH=$PATH:/opt/openmpi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/lib
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/fftw/lib
export PATH=$PATH:/opt/gromacs-5.0.4-gpu/bin
保存退出。
關(guān)掉當(dāng)前終端窗口，重新開啟一個終端窗口。
下面我們測試一下樣例程序在單 GPU 和多 GPU 的數(shù)據(jù)。
測試服務(wù)器配置如下：
CPU：2 顆 E5-2620（6 核心）
內(nèi)存：64G
GPU：2 片 K80（每片 K80 有 2 核心，所以有 4 個 GPU 設(shè)備）
在家目錄下建立目錄 test，將 ADH_bench_systems.tar.gz 拷貝到該目錄下。
$ cd ~/test
$ tar xvf ADH_bench_systems.tar.gz
$ cd adh_cubic
$ grompp_mpi –f rf_verlet.mdp
單 GPU 的調(diào)用命令是：
$ mdrun_mpi
或
$ mpirun –np 1 mdrun_mpi
多 GPU 的調(diào)用命令是：
$ mpirun –np 2 mdrun_mpi
或
$ mpirun –np 3 mdrun_mpi
或
$ mpirun –np 4 mdrun_mpi
單 GPU 設(shè)備執(zhí)行數(shù)據(jù)如下圖：
2 個 GPU 設(shè)備執(zhí)行數(shù)據(jù)如下圖：
3 個 GPU 設(shè)備執(zhí)行數(shù)據(jù)如下圖：
4 個 GPU 設(shè)備執(zhí)行數(shù)據(jù)如下圖：
linux安裝fftw3的介紹就聊到這里吧，感謝你花時間閱讀本站內(nèi)容，更多關(guān)于linux安裝fftw3,簡單易懂！教你如何在Linux系統(tǒng)中安裝FFTW3,為什么fftw安裝后沒有mpi,為什么編譯出的 gromacs 多 GPU 加速效果不好的信息別忘了在本站進(jìn)行查找喔。
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